Chemtool adalah program untuk menggambar struktur kimia pada Linux dan sistem Unix menggunakan toolkit GTK bawah X11. Chemtool merupakan GTK +-editor berbasis struktur kimia 2D untuk X11. Ia menarik molekul organik dengan mudah dan menyimpannya sebagai file X bitmap. Anda dapat mengekspor gambar dalam format XFig untuk penjelasan lebih lanjut, atau sebagai file Postscript (menggunakan xfig pendamping Program transfig). Distribusi mencakup seperangkat sampel gambar struktur molekul. Paket ini juga berisi program pembantu, cht, untuk menghitung rumus jumlah dan (sebenarnya) berat molekul dari file chemtool gambar.
Kebanyakan operasi di chemtool dapat dicapai dengan menggunakan mouse – yang pertama (biasanya kiri ) tombol digunakan untuk memilih atau tempat hal , tombol tengah memodifikasi sifat ( misalnya membalikkan arah ikatan ) , dan tombol kanan digunakan untuk menghapus benda .
Program ini menawarkan dasarnya unlimited undo / redo , dua font teks ditambah simbol , tujuh warna , menggambar pada beberapa tingkat zoom , dan persegi dan heksagonal latar belakang grid untuk penyelarasan mudah .
Menggambar obligasi :
Obligasi dapat ditarik dalam 4 pengaturan sudut yang berbeda – segi enam dengan interval 30 derajat , dua pentagons dengan interval 72 derajat ( dalam orientasi yang berbeda ) , dan segi delapan 45 derajat ) . Sudut Menengah yang mungkin dalam semua mode ini juga – hanya mengabaikan poin penanda dalam kasus ini .
Menekan tombol mouse pertama ( kiri ) menetapkan titik awal obligasi dan juga menampilkan satu set spidol pada posisi sudut yang tepat . Menyeret mouse sambil menekan tombol menarik garis dalam arah yang diinginkan .
Gaya ikatan pemilih di bagian tengah tombol bar menentukan jenis obligasi yang ditarik – awalnya , ini adalah ikatan tunggal . Jika Anda ingin mengubah jenis obligasi kemudian , baik klik di atasnya dengan tombol tengah mouse Anda untuk maju ke tipe berikutnya ( s ) , atau pilih jenis yang sesuai di chooser dan kemudian beralih ke mode bondtype dan memilih semua obligasi yang ingin Anda ubah ke tipe baru . Menekan mousebutton tengah obligasi ketika di ‘ Bondtype ‘ mode membalikkan arah ikatan itu .
Jenis obligasi yang tersedia di chemtool adalah
ikatan tunggal
ikatan ganda ( dengan satu garis lebih pendek dari yang lain )
ikatan ganda (memiliki garis pendek di sisi yang berlawanan )
ikatan ganda berpusat
ikatan rangkap tiga ( dengan garis mengapit lebih pendek dari pusat )
ikatan berbentuk baji
ikatan berbentuk baji melesat
garis bergelombang
garis putus-putus lebar
setengah panah
panah
ikatan lebar
lingkaran
garis putus-putus
ikatan tunggal yang ‘ memotong ‘ segmen dari setiap ikatan melintasi
ikatan rangkap tiga ( dengan garis yang sama panjang )
ikatan quadruple
cahaya ( terisi ) pi lobus orbital
a pi lobus orbital gelap
Tambahan jenis obligasi yang tersedia dalam menu pull-down ,
panah melengkung
khusus sejauh tidak ada jenis obligasi lainnya dapat dikonversi ke atau dari jenis ini . ( sebenarnya merupakan jalan pintas untuk salah satu fungsi kurva – gambar dijelaskan di bawah ) .
Menekan ketiga ( biasanya kanan) tombol mouse menghapus obligasi berikutnya ke posisi kursor .
Gambar semi-otomatis cincin :
Rings 3 sampai 12 anggota dapat ditarik dengan mudah dengan menekan tombol Ctrl sambil menggambar garis . Baris ini kemudian akan menjadi segmen pertama dari cincin yang secara otomatis ditarik searah jarum jam . Ukuran default cincin itu sesuai untuk mode gambar yang dipilih ( yaitu 5 , 6 atau 8 sisi ) , tetapi dapat diatur pada basis per -ring dengan menekan Ctlr – sebelum menggambar cincin , di mana angka 3-9 berkorespondensi 3 sampai 9- beranggota cincin , sedangkan 0 sampai 2 memilih 10 , 11 dan 12 – beranggota cincin , masing-masing. Cincin yang baru diambil dapat dihapus dengan menekan Ctrl dan tombol mouse 3 bersama-sama .
Menggambar garis lengkung :
Garis lengkung untuk benda seperti panah atau lobus orbital dapat ditarik dalam mode kurva spline dengan specifing empat titik kontrol yang membentuk poligon loncat ( startpoint , dua titik di kedua sisi puncak , endpoint ) . Dari bondtypes reguler yang tersedia dalam menu Style , yang ‘ single line ‘ , ‘ semiarrow ‘ , panah dan ‘ garis putus-putus ‘ mempertahankan fungsi mereka yang biasa , sedangkan tipe ‘ garis lebar’ digunakan untuk menunjukkan poligon diisi . Titik kontrol hanya terlihat dalam mode ‘Pindah ‘ , di mana mereka dapat diseret sekitar untuk mengubah bentuk kurva setelah itu ditarik .
Untuk menggambar panah melengkung , ada juga fungsi yang telah ditetapkan dalam pemilih gaya obligasi . Ini sebenarnya adalah jalan pintas untuk salah satu fungsi kurva gambar yang dijelaskan di atas , dengan titik kontrol kedua dan ketiga secara otomatis . Dengan demikian, tidak dapat dikonversi ke atau dari salah satu jenis obligasi konvensional .
( Satu bisa, bagaimanapun , mengubahnya menjadi salah satu jenis kurva yang lain , misalnya untuk mengubah jenis panah ) . Bentuk panah biasanya akan perlu disesuaikan dengan menggeser titik kontrol yang muncul bersama dalam mode ‘Pindah ‘ .
Memasukkan teks :
Teks tertulis ke dalam kotak teks dapat diposisikan dengan kursor dan mungkin tampak kiri, tengah atau kanan -blok dalam gambar . Ukuran font dapat dipilih dari pemilih di sebelah kanan dari kolom entri teks , sedangkan tombol ‘ t / T ‘ di sebelah tombol text -alignment memungkinkan Anda beralih di antara dua font – Helvetica untuk label biasa, dan Times Roman untuk deskripsi . Seperti gambar garis , teks dapat di salah satu warna yang tersedia di pemilih warna . Jika Anda ingin mengubah warna , huruf atau penyelarasan label setelah itu , hanya memilih kombinasi yang tepat dari pengaturan dan kemudian pilih label yang diinginkan dengan tombol kiri mouse . Ketika area entri teks kosong , ini hanya akan memperbarui properti tanpa mengubah teks itu sendiri . Ketika area entri teks tidak kosong , isinya juga akan mengganti teks label . Menyalin teks dari label ke area entri dilakukan dengan tombol tengah mouse , sedangkan tombol kanan mouse menghapus label yang dipilih .
Ada dua karakter khusus yang akan digunakan untuk sub – dan superscripting karakter berikut :
‘ ^ ‘ Bergeser ke atas (misalnya N ^ + untuk + N )
‘ _ ‘ Bergeser ke bawah ( mis. CH_3 untuk CH3 )
Kontrol karakter ‘ | ‘ digunakan untuk itializise karakter berikut , seperti dalam | t- Bu ( t – Bu ) , sedangkan karakter ‘ # ‘ boldfaces itu .
Karakter khusus ‘ @ ‘ beralih ke modus simbol , yang menggunakan standar X11 simbol font. Semua tombol abjad menghasilkan karakter Yunani sesuai pada mode ini , dan beberapa simbol lainnya yang tersedia jika setara latin1 standar mereka sudah dipetakan ke keyboard :
latin 1 simbol karakter
tanda yen infinity
Hyphen panah
makron panah bawah
Simbol ‘ plusminus ‘ dan ‘ terdaftar’ ( merek dagang ) sudah dalam font standar , meskipun mereka biasanya tidak tersedia pada keyboard . + (+): “>Gunakan perintah berikut ( atau menambahkan deklarasi untuk xmodmaprc Anda . ) Untuk membuat mereka tersedia melalui <AltGr> + <key> ( <RightAlt> + <key> ) :
xmodmap – e ‘ Keysym r = r R terdaftar ‘ \
– e ‘ Keysym o = o O yen ‘ \
– e ‘ Keysym p = p P plusminus ‘ \
– e ‘ Keysym u = u U tanda hubung ‘ \
– e ‘ Keysym d = d D makron ‘
Untuk diagram ‘ titik – dan – salib ‘ , pemetaan berikut untuk font simbol mungkin berguna :
cross (e.g. keysym x = x X acute) “>akut – > silang ( mis. Keysym x = x X akut )
tengah dot- gt; diisi dot ( misalnya Keysym d = d D periodcentered ) ( menggunakan tanda derajat untuk terbuka dot ) .
Urutan kunci @ + dan @ – dapat digunakan untuk menunjukkan biaya ion positif dan negatif – sebagai konvensional X11 simbol karakter set tidak mengandung dilingkari plus dan karakter dikurangi , ini sebenarnya terdiri dari sesuai karakter sederhana dan lingkaran diameter yang sesuai .
Bila Anda ingin menggunakan simbol sebagai sub – atau superscripts , menempatkan karakter sub – atau superscripting sebelum ‘ @ ‘ karakter , misalnya K_ @ a .
The mousebutton kanan dapat digunakan untuk menghapus teks berlabuh pada posisi kursor .
Pintas Pelabelan :
Dalam semua mode gambar obligasi , beberapa cara pintas keyboard yang tersedia untuk menambahkan simbol atom tanpa harus meninggalkan modus menggambar . Label ini ditempatkan pada posisi gambar saat ( titik akhir dari baris terakhir ditarik , atau tempat yang terakhir diklik ) .
Tombol ‘ c’ , ‘h’ , ‘ n’ , ‘ o ‘ , ‘ s ‘ , ‘ p ‘ dan ‘ r ‘ menyisipkan huruf kapital yang sesuai , ‘l ‘ ( huruf kecil L ) sisipan ‘ Cl ‘ , sementara ‘1 ‘ , ‘2’ , ‘3 ‘ insert CH , CH_2 dan CH_3 , masing-masing. Kunci tanda bintang (* ) menyisipkan sebuah lingkaran penuh .
Menekan space bar sekali memungkinkan Anda untuk memasukkan label sewenang-wenang , yang akan ditempatkan di posisi saat ketika Anda menekan tombol Kembali .
Tombol keypad numerik dapat digunakan untuk menggambar garis pendek ‘ pasangan elektron ‘ di sebelah simbol elemen – jika seseorang membayangkan simbol elemen yang akan duduk di ‘ kunci ‘5 pusat, setiap tombol menarik pasangan elektron yang tepat untuk posisinya . Ketika digunakan dalam kombinasi dengan tombol Shift , dua titik yang ditarik bukan garis . ( Cukup menghapus salah satu dari mereka jika Anda benar-benar membutuhkan jumlah elektron ganjil . )
Untuk penomoran cepat dari atom dalam molekul , beralih ke salah satu mode teks , tahan tombol Control dan memilih setiap atom berturut-turut dengan tombol kiri mouse . Penomoran dimulai pada 1 , dan urutan dapat direset setiap saat dengan mengklik tombol mouse sebelah kanan . Jika Anda perlu menggunakan skema penomoran Anda sendiri , klik tombol tengah ( sambil tetap menahan tombol Control ) membuatnya mengambil nomor apa pun adalah di bidang entri teks .
Bergerak , berputar , membalik atau skala objek
Menggunakan tombol ‘ Mark ‘ , Anda dapat dengan mudah memilih bagian dari gambar saat ini dengan menutupinya dengan ‘ rubberband ‘ persegi panjang . Jika Anda perlu menambahkan atom di luar area persegi untuk pilihan Anda, cukup menarik rubberband lain di sekitar mereka sambil menekan tombol Ctrl .
Bagian yang dipilih akan muncul disorot dengan warna biru dan akan segera tersedia untuk
bergerak : cukup drag fragmen ke posisi yang diinginkan dengan mouse sambil menekan tombol kiri mouse . Menekan Ctrl batas kunci gerakan horizontal , sambil menekan tombol Shift memilih vertikal – satunya gerakan .
Catatan : Jika Anda hanya ingin memindahkan atom individu atau obligasi , Anda hanya dapat memilih dan menyeret mereka dalam mode ‘Pindah ‘ tanpa harus menandai mereka terlebih dahulu .
berputar : gerakan horisontal mouse menerjemahkan untuk kelancaran rotasi sekitar titik poros yang dipilih saat menekan tombol mouse . Menekan tombol Ctrl switch rotasi bertahap sesuai dengan interval sudut mode gambar saat ini .
membalik ( mirroring ) fragmen tentang pesawat mirror horizontal atau vertikal melalui pusatnya : ini dilakukan dengan mengklik tombol menu appropraite
menyalin : mengklik tombol menu ‘ Copy ‘ menciptakan salinan dari fragmen yang dipilih sedikit offset dengan aslinya . Tanda secara otomatis ditransfer ke salinan baru .
rescaling : gerakan mouse horisontal diterjemahkan ke dalam peningkatan atau penurunan ukuran fragmen ditandai halus
menghapus : menghapus fragmen ditandai , cukup klik ketiga ( biasanya kanan) tombol mouse setelah disorot .
mengoptimalkan : mengklik ‘ ember dan sapu ‘ simbol memanggil fungsi yang menghilangkan tumpang tindih ( duplikat ) obligasi dan label dari gambar dan mencoba untuk meluruskan obligasi yang hampir horizontal atau vertikal .
bracketing dan framing : mengklik tombol braket memanggil menu pop – up yang menawarkan pilihan kurung dan berbagai kotak . Item yang dipilih diambil dalam ukuran dan posisi ditentukan oleh kotak penanda yang diambil oleh pengguna .
Berpusat gambar :
Jika tidak ada cukup ruang untuk molekul Anda, Anda bisa menempatkannya di tengah-tengah lembar dengan tombol tengah .
Mengekspor ke format asing :
Anda dapat mengekspor molekul sebagai
X bitmap ,
dikemas PostScript ( dengan gambar pratinjau opsional termasuk)
SVG ,
XFig ,
MDL molfile ,
PicTeX ,
PNG ,
EMF metafile ,
OpenOffice SxD gambar
semua format file kimia didukung oleh OpenBabel ( jika yang diinstal )
The PicTeX , EMF , PNG dan Postscript output fungsi bergantung pada program fig2dev dari paket transfig , sementara output SxD bergantung pada fig2sxd dan format – kimia terkait ( kecuali MDL molfile ) yang didukung melalui openbabel .
Anda dapat membuat output dalam berbagai ukuran sesuai dengan skala zoom saat ini . The PicTeX dan Postscript mode tambahan memungkinkan skala untuk persentase dipilih sewenang-wenang pada menu ekspor .
Untuk menyertakan PicTeX – file dalam dokumen LaTeX Anda , Anda akan membutuhkan paket makro pictex . Tergantung pada versi yang Anda gunakan , Anda mungkin juga harus memuat paket ‘ warna ‘ dalam pembukaan file LaTeX Anda .
Jika Anda mengalami ‘ kapasitas TeX melebihi ‘ pesan kesalahan , meningkatkan parameter extra_mem_bot dalam file texmf.cnf Anda ( biasanya terletak di / usr/share/texmf/web2c , / usr / local / texmf atau / etc / texmf ) .
Pictex dikenal karena persyaratan yang tidak biasa ( dengan standar tex ) memori , dan pengaturan standar sering tidak memperhitungkan ini ( meskipun Anda mungkin menemukan komentar a la ‘ mengubah ini jika Anda menggunakan pictex ‘ dalam file texmf.cnf ) .
Chemistry in Our Life 